法律分析：发现车辆被套牌的办理流程：
1、收集自己不在现场的证据；
2、去交警队核实违章信息；
3、向交通管理部门提诉；
4、申请更换车辆牌号。
可以致电市交通管理局或登录其官方门户网站，通过电子邮件发送车辆照片和非法时间，并说明车辆与非法车辆之间的明显差异，这将有助于交警确定是否是非法车辆。如果车辆被标记，处理起来会更麻烦。
法律依据：《机动车登记规定》
第四十四条 机动车号牌、行驶证灭失、丢失或者损毁的，机动车所有人应当向登记地车辆管理所申请补领、换领。申请时，机动车所有人应当填写申请表并提交身份证明。
车辆管理所应当审查提交的证明、凭证，收回未灭失、丢失或者损毁的号牌、行驶证，自受理之日起一日内补发、换发行驶证，自受理之日起十五日内补发、换发号牌，原机动车号牌号码不变。
补发、换发号牌期间应当核发有效期不超过十五日的临时行驶车号牌。