1、种属不同。
红瓜鱼：学名红尾圆鰺，属于鲈形目鯵科圆鯵属。
黄花鱼：属于鲈形目石首鱼科黄鱼属。
2、外形差异。
红瓜鱼：体型呈菱形，体色黑褐色，头大，成年体长20-40厘米。
黄花鱼：体型近乎长方形，成年体长20-30厘米，头大侧扁，吻钝，体背灰黄色，两侧及下部金黄色。